Důsledky porážky

České stavy vstoupily do třicetileté války víceméně osamoceny, což pro ně mělo osudové následky. Boj zahájily sice úspěšně, na český trůn zvolily říšského knížete Friedricha Falckého, zetě anglického krále, ale poměry se však brzy změnily. Stavovské vojsko, složené z žoldnéřů různorodého původu, utrpělo v listopadu 1620 porážku v bitvě na Bílé hoře.

Friedrich Falcký uprchl ze země a Habsburkové triumfovali. Ferdinand II. nechal stíhat povstalce a začal budovat absolutistickou monarchii, řízenou výhradně panovníkem a jeho nejbližšími rádci.

Vůdci stavovského povstání, pokud neodešli do ciziny, byli pozatýkáni a 27 z nich bylo roku 1621 exemplárně popraveno na Staroměstském náměstí. Ostatním povstalcům byli zkonfiskovány jejich statky a další majetky. Tyto první Ferdinandovy kroky vedly k zániku stavovského státu.

Takřka současně začal systematický proces katolizace. Rudolfův majestát z roku 1609 o náboženské svobodě byl zrušen a završením tohoto procesu bylo vydání nové ústavy Obnoveného zřízení zemského, jejíž ustanovení vstoupila roku 1627 v platnost na území Českého království a o rok později v Markrabství moravském.
Všichni příslušníci stavovské společnosti (tj. šlechtici a měšťané), pokud si chtěli ponechat nekatolické vyznání, museli české země opustit. Poddaným nezbývalo než zůstat a přestoupit ke katolicismu.
Ústava prohlašovala český trůn za dědičný v habsburské dynastii, v zemském sněmu zasedlo duchovenstvo a němčina byla zrovnoprávněna s češtinou. Byl to začátek germanizačních snah. V důsledku vydání nové ústavy emigrovaly z českých zemí desetitisíce lidí, mezi nimi mnoho inteligence.

Třicetiletá válka po sobě zanechala zdevastované hospodářství a zároveň zredukovala počet obyvatel přibližně o třetinu. Cesta z úpadku byla dlouhá a bolestivá. Poddaní rolníci museli platit vysoké daně, ale především byli znevolněni, tj. připoutáni k půdě, takže se bez souhlasu vrchnosti  nesměli stěhovat a museli plnit robotní povinnosti na panských pozemcích.